Intruksi
Digunakan sebagai alat bantu menghitung Melting Temperature (Tm), menggunakan rumus dasar.
Perhitungan dasar Melting Temperature (Tm)
Digunakan dua perhitungan perkiraan standar. Untuk urutan kurang dari 14 nukleotida, rumusnya adalah:
$${Tm} = {(wA+xT) \times 2 + (yG+zC) \times 4}$$ di mana w, x, y, z adalah jumlah basa A, T, G, C dalam urutan tersebut, masing-masing.
Untuk urutan lebih dari 13 nukleotida, persamaan yang digunakan adalah
$$Tm= {{64.9 +41 \times (yG+zC-16.4)} \over (wA+xT+yG+zC)}$$ Ketika nukleotida degeneratif dimasukkan dalam urutan primer (Y, R, W, S, K, M, D, V, H, B, atau N), nukleotida tersebut akan diganti secara internal sebelum perhitungan Tm minimum dan maksimum.
Perhitungan Base-stacking Melting Temperature (Tm)
Aproksimasi ini menggunakan konsep Termodinamika untuk menghitung Tm.
Referensi dari literatur digunakan untuk mengembangkan skrip, kunjungi situs pengembang asli.
Digunakan dua perhitungan perkiraan standar. Untuk urutan kurang dari 14 nukleotida, rumusnya adalah:
$${Tm} = {(wA+xT) \times 2 + (yG+zC) \times 4}$$ di mana w, x, y, z adalah jumlah basa A, T, G, C dalam urutan tersebut, masing-masing.
Untuk urutan lebih dari 13 nukleotida, persamaan yang digunakan adalah
$$Tm= {{64.9 +41 \times (yG+zC-16.4)} \over (wA+xT+yG+zC)}$$ Ketika nukleotida degeneratif dimasukkan dalam urutan primer (Y, R, W, S, K, M, D, V, H, B, atau N), nukleotida tersebut akan diganti secara internal sebelum perhitungan Tm minimum dan maksimum.
Contoh:
Urutan primer: CTCTRYCTWSCTCTCT
Urutan untuk perhitungan Tm minimum: CTCTATCTAGCTCTCT
Urutan untuk perhitungan Tm maksimum: CTCTGCCTAGCTCTCT
Asumsi:
Persamaan di atas mengasumsikan bahwa pengaitan terjadi di bawah kondisi standar dari 50 nM primer, 50 mM Na+, dan pH 7.0.Perhitungan Base-stacking Melting Temperature (Tm)
Aproksimasi ini menggunakan konsep Termodinamika untuk menghitung Tm.
Referensi dari literatur digunakan untuk mengembangkan skrip, kunjungi situs pengembang asli.
Literatur
Sodikin Kurniawan S.Tr.A.K
Sodikin Kurniawan, S.Tr.A.K, adalah ahli teknologi laboratorium medis, berpengalaman di laboratorium pendidikan dalam bidang hematologi, histologi, imunohematologi, phlebotomy dan lebih fokus pada bidang parasitologi.